Prima atestare a Mănăstirii Pasărea ca mănăstire de monahii datează din anul 1813, în timpul domniei lui Caragea Vodă, când starețul Mănăstirii Cernica, arhimandritul Timotei construiește o biserică din lemn, cu hramul Sfântul Nicolae care va dăinui până la cutremurul din ianuarie 1838. Peste cinci ani, în 1834, se înalță biserica din cimitir cu hramul Adormirii Maicii Domnului, „prin osârdia Sfinției Sale Părintele arhimandrit Calinic, starețul Mănăstirii Cernica, și prin silința maicii starețe Epraxia, biserică împodobită mai apoi de maica Melitina stareță (...) în zilele credinciosului Domn Alexandru Dimitrie Ghica Voievod” după cum aminteşte pisania. Pictura a fost executată în tempera de Nicolae Polcovnicul, a cărui semnătură se păstrează la proscomidiar.
Între anii 1846-1847 se înalță biserica mare cu hramul Sfânta Treime, construcție din zid, de plan triconc, ridicată de Calinic, stareț al Mănăstirii Cernica, „cu ajutorul credincioșilor și râvna cucernicei maici starețe Domnica, în zilele binecredinciosului Domn Gheorghe Dimitrie Bibescu, arhiepiscop fiind – ne spune pisania bisericii – Prea Sfinția sa Domnului Domn Neofit Mitropolit”. Pictura a fost executată în frescă, în stil neobizantin, nu i se cunosc autorii, se presupune doar că este lucrarea monahilor zugravi de la Şcoala de pictură a Mănăstirii Cernica, ajutați de pictori români veniți de la Muntele Athos.
Între anii 1967-1975 mănăstirea a fost renovată în întregime cu binecuvântarea Patriarhului Justinian și cheltuiala Arhiepiscopiei Bucureștilor, atunci s-a introdus încălzire centrală și apă curentă. Prin grija Patriarhului Iustin și strădania stareței Lucia Dumbravă, începând cu anul 1980, pictura a fost restaurată de pictorul Toma Lascoiu care a respectat întru totul lucrarea înaintașilor. Astăzi incinta mănăstirii cuprinde: biserica mare zidită între anii 1846-1847, biserica mică zidită în 1834, la subsolul căreia se află osuarul unde odihnesc osemintele monahiilor înmormântate în cimitirul mănăstirii, turnul-clopotniță, 67 de chilii în care locuiesc 180 de maici și surori, stăreția și gospodăria-anexă, vechiul arhondaric (în prezent muzeul mănăstirii), atelierele și căminul de bătrâne. Mănăstirea Pasărea are o bogată colecție de artă veche bisericească, dar și lucrări de broderie, ceramică, emailuri realizate în zilele noastre, păstrează de asemenea și mulajele în ghips ale sculptorului Gheorghe D. Anghel, care și-a petrecut aici ultimii ani ai vieții, mormântul lui se află în cimitirul monahal. De-a lungul timpului pot fi consemnate câteva momente importante care au marcat istoria Mănăstirii Pasărea.
Vizitând mănăstirea, A. I. Cuza, Domnul Ţării, propune înființarea unei școli primare atât pentru surorile din mănăstire, cât și pentru copiii din satele limitrofe, precum și înființarea unui spital cu 12 paturi, întreținut de Eforia Spitalelor Civile. În 1882, urmare a secularizării averilor mănăstirești, a pierderii marelui său îndrumător spiritual, Episcopul Calinic, dar și a jafului și pagubelor la care tâlhari înarmați cu puști și pistoale, au supus-o, conducerea mănăstirii hotărăște să desființeze viața de obște, adoptându-se cu 1 aprilie 1882 viața de sine.
În 1916 la Mănăstirea Pasărea sunt aduse spre îngrijire 30 de bătrâne aflate în azilul de bătrâni din București care fusese transformat în spital de campanie pentru răniții de pe fronturile primului război mondial. Acum începe lucrarea caritabilă a monahiilor acestei mănăstiri. În 1921 prin grija patriarhului vrednic de pomenire Miron Cristea și cu ajutorul statului, în incinta mănăstirii ia ființă prima școală de patru clase pentru fetele orfane. Pe lângă programa școlară obligatorie, acestea învățau croitorie, țesătorie și chiar arta broderiei și a picturii. O parte dintre orfanele crescute în mănăstire au devenit monahii, lepădându-se de lume și închinându-și viața lui Dumnezeu, slujind pe aproapele aflat în nevoie.
Pentru vrednicia lor câteva sunt alese pentru a urma școala de asistente medicale înființată în cadrul Spitalului Militar Central. Între 1939 și 1947 șapte dintre monahiile mănăstirii au urmat cursurile școlii sanitare. Între acestea și monahia Pahomia Marinescu, care îngrijea răniții de război aduși în Spitalul Militar Central sau mergea pe trenurile sanitare ale celei de a doua conflagrații mondiale. Astăzi, încă viguroasă și înțeleaptă, aflată la venerabila vârstă de 93 de ani, maica Pahomia ne este încă pildă vie de viețuire duhovnicească. Dar și asistentele medicale monahia Doroteea Bărbieru, astăzi în vârstă de 99 de ani și monahia Veniamina de curând mutată la cele veșnice pot fi amintite aici.
În 1956, prin grija fericitului întru pomenire Părinte Patriarh Justinian Marina în mănăstire se organizează o școală monahală pentru surori. Prin truda și osteneala monahiilor din Mănăstirea Pasărea, de-a lungul anilor, aici au fost crescute și educate în spiritul valorilor monahale multe tinere, astăzi cântărețe și bune interprete ale muzicii psaltice, lucrătoare în arta picturii, emailului, filigranului, broderiei, croitoriei, dar și remarcabile monahii-profesor care continuă, în cadrul Seminarului Teologic Liceal Sf. Filofteia, până astăzi, tradiția învățământului monahal, formarea în spiritul valorilor creștine.
Astăzi, vieţuitoarele mănăstirii duc mai departe tradiţia vieţii monahale, în rugăciune şi ascultare, slujind lui Dumnezeu şi aproapelui. Săvârşesc zilnic Sfânta Liturghie şi cele şapte laude. În ateliere, se lucrează la secţiile de croitorie, cizelură, pictură, broderie și email.
În cadrul Căminului de Bătrâne sunt îngrijite cu multă dăruire în jur de 30 de pensionare, de către maici cu pregătire medicală specială, dar şi multe ostenitoare care fac acest lucru din dragoste de aproapele şi cei aflaţi în suferinţă.
Alte ostenitoare îşi desfăşoară activitatea ca profesoare şi pedagoge la Seminarul Teologic Liceal Ortodox „Sfânta Filofteia”, unde prin strădanie educă tinere eleve în spiritul credinţei şi al valorilor creştine.
Începând cu anul 2012, au fost demarate ample lucrări de restaurare şi înnoire în biserica mare, unde s-a desprăfuit pictura din Sfântul Altar, naos şi pronaos, s-a înlocuit instalaţia electrică şi de încălzire în totalitate, s-a montat o centrală termică nouă echipată cu vas de expansiune; s-a placat pardoseala cu marmură de Samaha, s-au înlocuit uşile interioare de la cămările bisericii, iar uşa de la cămara dreaptă exterior s-a înlocuit cu una din metal; au fost restaurate stranele la care s-au adăugat ornamente noi, s-au restaurat policandrele, catapeteasma, iconostasele şi toată argintăria icoanelor cât şi pictura exterioară şi pictura din pridvor, ultima fiind executată de restauratoarea Carmen Lunganu. S-a restaurat icoana Maicii Domnului Axioniţa şi s-a aşezat într-un iconostas nou, sculptat în lemn de tei, aurit în tehnica bolos. S-a pictat o icoană cu Sfântul Ierarh Calinic şi s-a executat ferecătura în tablă de argint masiv. S-a turnat o placă de beton pentru postamentul unui baldachin nou şi s-a placat cu marmură de Ruşchiţa, s-a făurit racla de argint pentru Sfintele Moaşte a 14 sfinţi şi s-a sculptat baldachinul din lemn de stejar. S-au montat plăci de granit pe treptele din faţa bisericii şi s-a vopsit acoperişul din tablă al bisericii.
Ample lucrări au fost demarate în ceea ce priveşte clădirea muzeului care a fost renovat şi reorganizat în întregime: instalaţie electrică, sanitară şi de încălzire, placare cu gresie, faianţă şi parchet, întregul mobilier tratat împoriva cariilor, reparat şi lăcuit, montare la vitrine de geamuri cu deschidere şi închidere, montare de draperii pentru protecţie, noi corpuri de iluminat, sistem de supraveghere şi alarmă, iar la exterior întreaga clădire renovată, izolare exterioară a coşului clădirii, pridvor restaurat şi vopsit, tabla vopsită de pe acoperiş, jgheaburi şi burlane înlocuite. S-a placat pridvorul muzeului cu plăci de granit, s-a turnat de jur împrejur trotuar nou şi s-a amenajat parcul din faţă. Acestui moment i-a urmat reamenajarea integrală a patrimoniului muzeal.
La finele anului 2012, s-a început construcţia unui altar de vară şi a unui pangar în stil maramureşan, iar în 2013 a fost renovată şi reamenajată clădirea atelierului.
Ample lucrări de renovare, restaurare şi igienizare s-au făcut şi la cancelaria mănăstirii: s-a înlocuit instalaţia electrică de apă şi canal, s-au înlocuit pardoselile şi s-au utilat încăperile cu mobilier şi aparatură de specialitate noi.
În gospodăria mănăstirii, s-au făcut lucrări de terasare a terenului şi s-a montat un solar de mari dimensiuni. S-a construit un nou adăpost de vară pentru vite şi s-au efectuat permanent lucrări de igienizare şi întreţinere. S-au construit toalete publice, dotate cu toate cele necesare (apă, canal, instalaţie electrică). La jumătate dintre chilii s-au făcut reparaţii curente de zugrăvit, vopsitorie, placarea şi izolarea zidurilor, vopsitul acoperişurilor şi a tâmplăriei, cât şi reparaţii curente la instalaţiile de canal şi apă, încălzire şi iluminat electric. S-au plantat 8000 de fire de glădiţă şi s-a împrejmuit cu stâlpi din beton o parte a terenurilor agricole în vederea protejării lor.
Soborul Mănăstirii Pasărea îşi desfăşoară întreaga activitate liturgică, duhovnicească, administrativă, socială şi culturală având la bază respectarea valorilor tradiţionale şi morale ale monahismului ortodox românesc. Moştenirea Sfântului Ierarh Calinic de la Cernica este păstrată şi transmisă din generaţie în generaţie, cu multă dăruire şi jertfă.
