Despre existenţa unei aşezări mănăstireşti pe insula Snagov documentele vorbesc încă de pe vremea lui Mircea cel Bătrân. În secolul al XV-lea, domnitorul Ţepeş Vodă căruia tradiţia îi atribuie întemeierea acestei mănăstiri, a construit aici cea dintâi biserică de zid, chilii pentru monahi, clopotniţă, trapeza şi altele. Astăzi din vechea vatră monahală se mai păstrează doar biserica principală cu hramul ”Intrării Maicii Domnului în biserică”, refăcută de domnitorului Neagoe Basarab între anii 1517-1521, clopotniţa şi vestigii ale vechilor chilii. De-a lungul timpului numeroşi domnitori au contribuit la ridicarea acestui aşezământ, un adevărat centru de spiritualitate şi cultură ortodoxă.
În anul 1453, Vladislav al II-lea zideşte un paraclis cu hramul ”Buna Vestire” care, potrivit tradiţiei s-ar fi scufundat în jurul anului 1600, păstrându-se doar uşile împărăteşti aflate acum la Muzeul Naţional de Artă al României. În jurul anului 1456, Vlad Ţepeş dispune construirea unui zid de apărare, a unui pod, a unei închisori pentru trădători şi tâlhari şi a unui tunel de refugiu pe sub apă, tunel care deşi ruinat se păstrează până astăzi. Se pare că nici Neagoe Basarab, nici Mircea Ciobanul, n-au terminat de zugrăvit biserica mănăstirii Snagov, aceasta rămânând în grija fiului lui Mircea Vodă şi al Doamnei Chiajna, Petru Voievod cel Tânăr (1558-1568). Spre sfârşitul secolului al XVI-lea, mitropolitul Ţării Româneşti este trimis la Mănăstirea Snagov unde reface paraclisul Bunei Vestiri, în anul 1588. Dintr-un act dat la 3 august 1591 de Ştefan Surdul (1591-1592) reiese că acest paraclis, refăcut de Serafim, era aşezat în partea dreaptă a bisericii principale. Alexandru Iliaş încearcă să închine Mănăstirea Snagov celei a Pantocratorului din Sfântul Munte. Nu se ştie precis în ce împrejurări, prin anul 1625, sub domnia lui Alexandru Coconul (1623-1627), Partenie, fost episcop al Presponului, ajunge egumen la Mănăstirea Snagov. Urmaşul lui Alexandru Iliaş, Leon Voievod Tomşa (1623-1629), printr-un hrisov dat la 6 februarie 1630 întăreşte Mănăstirii Snagov şi părintelui episcop Chir Partenie, năstavnicul acestui sfânt locaş, satul Dobroşeşti din judeţul Ilfov. Matei Basarab (1632-1654) ocupă tronul Ţări Româneşti în urma unei răscoale pornită contra grecilor şi ulterior va lua măsuri pentru dezrobirea mănăstirilor închinate, printre acestea aflându-se şi Mănăstirea Snagov. Spre sfârşitul domniei lui Matei Basarab, în 1653, când patriarhul Macarie al Antiohiei, însoţit de diaconul Paul de Alep, călătorea prin Ţările Române, Mănăstirea Snagov s-a învrednicit să primească vizita acestui înalt ierarh. Paul de Alep, descriind călătoria, spune că Mănăstirea Snagov este ultima dintre lăcaşele sfinte ale Ţării Româneşti pe care au vizitat-o şi că e „situată într-o insulă cu un lac mare împrejur, deasupra căruia se află un pod, este o clădire veche cu hramul ”Intrarea Maicii Domnului în biserică” şi că zidirea ei este în special atribuită lui Mircea Vodă, Radu Vodă, Basarab Voievod şi lui Petru Voievod”.
Pusă în siguranţă de călugării greci şi înzestrată cu multe moşii de către darnicul Voievod Matei, mănăstirea continuă şi în a doua jumătate a veacului al XVII-lea să primească danii atât de la domnitor cât şi de la alţi credincioşi. Astfel, la 30 mai 1654, Constantin Şerban Basarab (1654-1658) întăreşte Mănăstirii Snagov mai multe sate dăruite de înaintaşi. În anul 1661, în prima sa domnie (1660-1664), Grigorie Ghica, printr-o carte din 21 aprilie dă voie călugărilor de la Snagov să ia veniturile de la stânile de peste munţii aflaţi în stăpânirea mănăstirii şi tot Grigorie Ghica hotărăşte ca mănăstirea să fie lăsată în pace de orice slujbaş al ţării.
Pe la 1694, Antim Ivireanul, harnic lucrător în tipografia din Bucureşti, se strămută la Snagov, luând cu el litera şi presa necesare meşteşugului său iubit. Dar pentru a-şi adăposti cele necesare tipăritului avea nevoie de câteva încăperi bune de locuit, şi pentru că cele din incinta mănăstirii se aflau într-o stare avansată de degradare, primul lucru pe care îl face Antim la Snagov a fost acela de a repara clădirile vechi. La puţină vreme, la 26 aprilie 1694, Constantin Brâncoveanu în înţelegere cu Teodosie, Mitropolitul Ţării Româneşti, îl numeşte pe Antim Ivireanul egumen al acestei mănăstiri. A început prin a se îngriji de averea mănăstirii, a reînnoit sfintele vase, a reparat cărţile de slujbă, dar mai presus de toate, a desfăşurat la Mănăstirea Snagov o bogată activitate tipografică. Aici, în liniştea şi singurătatea mănăstirii de pe insulă, departe de zgomotul oraşului şi al lumii, a tipărit multe cărţi nu numai în limba română dar şi în greacă, slavonă şi arabă. Buna chiverniseală a Mănăstirii Snagov, precum şi calităţile sale, îl impun atenţiei tuturor, astfel că în martie 1705 este numit Episcop de Râmnic Noul Severin. Nu se ştie ce s-a întâmplat cu tipografia românească şi cea grecească de la Snagov după plecarea lui Antim Ivireanul. Se presupune doar că a fost luată la Râmnic, iar cea arăbească se ştie că a fost dată de Constantin Brâncoveanu patriarhului de Antiohia, Atanasie al IV-lea Dabbas, care o duce la Alep, unde continuă să o folosească tipărind cărţi pentru conaţionalii săi.
După plecarea lui Antim Ivireanul de la Snagov începe decăderea mănăstirii, şi ea nu va mai cunoaşte vreodată înflorirea la care ajunsese sub egumenia Sfântului Antim.
Domnitorii fanarioţi încetează a mai face danii mănăstirii. În timpul războiului ruso-turc, încheiat prin pacea de la Kuciuk-Kainargi, Mănăstirea Snagov a fost ocupată de călugări şi de un batalion de soldaţi ruşi care ulterior vor fi strămutaţi la Mănăstirea Tismana. Tot spre sfârşitul acestui veac, sub oblăduirea lui Alexandru Ipsilanti (1774-1782) şi sub păstorirea mitropolitului Grigorie (1760-1787), Mănăstirea Snagov împreună cu Mănăstirea Căldăruşani trec în seama Mitropoliei din Bucureşti, fiind date în grija lui Filaret, Vicarul Mitropoliei, ajuns mai târziu episcop de Râmnic şi apoi mitropolit al Ţării Româneşti.
La 4 decembrie 1797, când în Ţara Românească era domn Constantin Mangerli (1797-1799), mănăstirea era obligată să plătească – aflăm din documente – întreţinerea armatei turceşti şi, din 9 august 1815, a armatei imperiale. La 23 August 1811, sub păstoria Mitropolitului Ignatie, se proiectează înfiinţarea unui seminar teologic de băieţi în cadrul mănăstirii, dar vremurile tulburi împiedică acest lucru. În 1813, în timpul lui Ioan Vodă Caragea, mănăstirea este dată în grija lui Neofit, episcop de Cerveno. Nu avem date privind egumenia sa, dar se spune că s-au mai făcut unele reparaţii în timpul cât a stat la Mănăstirea Snagov. I-au urmat şi alţi egumeni, după care, în anul 1863 mănăstirea este părăsită de monahii greci, care după secularizare o lasă în paragină şi degradare până la a se autodesfiinţa. Câţiva ani mai târziu, la 5 februarie 1883, Administraţia domeniilor şi pădurilor Statului arată Ministerului că „zidul ce înconjoară Mănăstirea Snagov este dărâmat până în faţa pământului, iar cărămida a fost luată de locuitorii cătunelor Snagov, Coadele, Turbaţi şi Dobroşeşti”. În anul 1903, Ministerul Cultelor acoperă ce a mai rămas din biserică, după care se lucrează timp de aproape 30 de ani pentru refacerea celor 4 turnuri.
Biserica mănăstirii - ctitorie a lui Neagoe Basarab de la 1517-1521 este o construcţie realizată din cărămidă aparentă, cu jocurile obişnuite de firide, arcade şi cornişe zimţate, amintind de bisericile de influenţă bizantină din Muntele Athos. Este de plan triconc cu o turlă centrală pe naos, susţinută de patru stâlpi circulari. O turlă mai mică se ridică deasupra pronaosului sprijinită şi ea tot pe patru stâlpi octogonali. Are un naos spaţios şi un pronaos pătrat, despărţit de naos printr-un zid, străpuns de trei goluri. Iniţial pronaosul a fost un pridvor deschis, sprijinit pe stâlpi liberi, ulterior spaţiul dintre stâlpi a fost zidit şi pridvorul a devenit pronaosul închis de astăzi. În faţa altarului se află piatra de mormânt a domnitorului Vlad Ţepeş. Pictura datează din timpul lui Petru Voievod, fiul lui Mircea Ciobanu, autor fiind Dobromir cel Tânăr, la 1563, după cum arată inscripţia în slavonă zugrăvită în naos. În 1815 pictura a fost completată în părţile deteriorate, iar în anul 1904 s-a făcut reparaţii mari bisericii. Cu prilejul unor săpături făcute în jurul şi în interiorul bisericii s-au găsit urmele vechii biserici şi o fântână de piatră în spatele altarului.
Biserica Mănăstirii Snagov a deţinut numeroase obiecte de cult, multe dintre ele fiind conservate astăzi la Muzeul Naţional de Artă al României. În primul rând uşa paraclisului, datând de la jumătatea secolului al XV-lea, apoi un panaghiar de argint aurit, bogat ornamentat de la sfârşitul secolului al XV-lea şi o anaforniţă dăruită de Radu cel Mare, datând din jurul anului 1500, un chivot dăruit de mitropolitul Varlaam şi o căţuie oferită de către Antim Ivireanul.
În anul 1991, Arhiepiscopia Bucureştilor cu sprijinul Ministerului Cultelor a început reconsolidarea, reamenajarea şi restaurarea acestui monument istoric de veche cultură şi spiritualitate românească. În anul 1996 s-a deschis un şantier arheologic, studiile făcute cu acest prilej confirmând rezultatele cercetărilor arheologice şi istorice din anii 1933-1940. Tot atunci, prin grija stareţului Emilian Poenaru a fost ridicată o biserică de lemn care să marcheze locul Paraclisului ”Buna Vestire”, ctitoria lui Vladislav al II-lea, la 1453.
În anul 2003, cu binecuvântarea Fericitului întru pomenire Patriarh Teoctist a fost numit stareţ ieromonahul Varahiil Bănăţeanu. Atunci a început restaurarea picturii din pronaos şi altar, prin purtarea de grijă a Preasfinţitului Varsanufie Prahoveanul, Episcop Vicar al Arhiepiscopiei Bucureştilor. Au fost comandate şi instalate un clopot, policandre pentru altar, naos şi pronaos, s-a realizat iluminatul în jurul bisericii, prin cablu subacvatic și biserica a fost dotată cu străni noi din lemn de stejar sculptat. Gospodăria mănăstirii a fost dotată cu utilaje agricole, a fost donată o mini şalupă pentru ca traversarea lacului să fie făcută în siguranţă; s-au construit teracote noi, a fost tencuită clădirea gospodăriei mănăstirii, s-au ridicat două troiţe executate în comuna Rogoz, judeţul Maramureş.
În anul 2008, Mănăstirea Snagov a aniversat 600 de ani de la atestarea documentară, prilej cu care Preafericitul Părinte Patriarh Daniel a oficiat slujba Sfintei Liturghii în biserica din ostrovul Snagovului. Cu acest prilej a fost lansată monografia mănăstirii, intitulată Mănăstirea Snagov: Credință, Literatură și Legendă.
Cu binecuvântarea Preafericitului Părinte Patriarh Daniel, între anii 2009-2010 s-a construit o pasarelă pietonală care să facă legătura dintre ostrovul mănăstirii și satul Siliștea Snagov. În anul 2012, cu prilejul comemorării a 500 de ani de la venirea pe tron a Sfântului Voievod Neagoe Basarab, biserica mănăstirii a fost târnosită de către Preafericitul Părinte Patriarh Daniel împreună cu un numeros sobor de ierarhi, stareți, starețe, preoți și diaconi. Cu acest prilej, în semn de apreciere a eforturilor depuse, Părintele Patriarh a acordat rangul de protosinghel părintelui stareț Varahiil Bănățeanu.
În perioada 28 noiembrie – 2 decembrie 2014, Preafericitul Părinte Ioan al X-lea, Patriarhul Antiohiei şi al Întregului Orient, a efectuat o vizită frăţească în Patriarhia Română, prilej cu care, însoţit de Înaltpreasfințitul Părinte Nifon, Arhiepiscopul Târgoviştei şi Exarh patriarhal, au vizitat și Mănăstirea Snagov. Aici a fost prezentat proiectul de protecţie, conservare şi dezvoltare a patrimoniului cultural şi natural al insulei Snagov, subliniindu-se legăturile străvechi care au existat între Mănăstirea Snagov și Patriarhia Antiohiei, aici tipărindu-se primul liturghier în limba arabă, la tipografia Sfântului Ierarh Martir Antim Ivireanul, în anul 1701.
În anul 2016, cu binecuvântarea Preafericitului Părinte Patriarh Daniel, o delegație compusă din Preafericitul Părinte Ioan al X-lea, Patriarhul Antiohiei şi al Întregului Orient, împreună cu Înaltpreasfințitul Părinte Ioan, Mitropolit de Rustavi, Georgia, și Preasfințitul Părinte Timotei Prahoveanul, Episcop-vicar al Arhiepiscopiei Bucureștilor, delegatul Preafericitului Părinte Patriarh Daniel, în prezența a numeroși ierarhi români și străini, stareți și starețe de mănăstiri, preoţi şi credincioşi au săvârșit slujba punerii pietrei de temelie a paraclisului cu hramurile „Sfântul Ierarh Martir Antim Ivireanul” și „Sfântul Voievod Martir Constantin Brâncoveanu” și a Centrului pentru protejarea și conservarea patrimoniului cultural al Mănăstirii Snagov. Împreună cu cei trei ierarhi slujitori s-au aflat şi Înaltpreasfinţitul Părinte Gattas Hazim, Mitropolit de Bagdad şi Kuweit; Înaltpreasfinţitul Părinte Efrem, Arhiepiscop de Bolnisi; Preasfinţitul Părinte Qais, Episcop de Erzurum; Preasfinţitul Părinte Ambrozie, Episcopul Giurgiului; Preasfinţitul Părinte Mihail, Episcopul ortodox român al Australiei şi Noii Zeelande; Preasfinţitul Părinte Varlaam Ploieşteanul, Episcop-vicar patriarhal, şi Preasfinţitul Părinte Ieronim Sinaitul, Episcop-vicar patriarhal.
