Ctitorită de Sfântul Ierarh Martir Antim Ivireanul, mitropolitul Ungro-Vlahiei (1708-1716), mănăstirea a fost ridicată între anii 1713-1715 pe locul unde era o veche biserică de lemn cu hramul Sfântul Nicolae, în care se păstra Sfântul Mir, nu departe de dealul Mitropoliei, la aproape două sute de metri spre apus.
Întregul complex – biserică, chilii, paraclis, clopotniţă, case egumeneşti – a fost executat, atât arhitectonic cât şi pictural, potrivit planurilor întocmite de marele ierarh. Realizarea artistică a mănăstirii reprezintă o mărturie elocventă a vieţii culturale bucureştene de la începutul secolului al XVIII-lea.
Mitropolitul Antim Ivireanul a fost unul dintre cei mai de seamă ierarhi ai Ţării Româneşti, deopotrivă păstor şi învăţător. Deşi nu era român de neam a fost iubit şi preţuit de poporul nostru, care a văzut în el un adevărat „om al lui Dumnezeu”. Aşa se şi explică decizia Sfântului Sinod al Bisericii Ortodoxe Române din iunie 1992 prin care Antim Ivireanul a fost trecut în rândul sfinţilor, ca Ierarh-Martir, fiind prăznuit la 27 septembrie.
Originar din Iviria, Georgia de astăzi, născut în jurul anului 1650, tânărul este luat rob de turci şi adus la Constantinopol (1680). Aici este răscumpărat de Patriarhia ecumenică unde şi învaţă sculptura în lemn, pictura şi broderia, precum şi limbile greacă, turcă şi arabă. În jurul anilor 1690, binecredinciosul voievod Constantin Brâncoveanu îl aduce în Ţara Românească, unde devine ucenic tipograf al fostului episcop Mitrofan al Huşilor. Pentru viaţa sa înalt duhovnicească şi activitatea tipografică şi culturală a fost ales episcop al Râmnicului la 16 martie 1705, iar la 22 februarie 1708, episcopul Antim este înscăunat mitropolit al Ungro-Vlahiei, de faţă fiind şi patriarhii Alexandriei şi Ierusalimului. A desfăşurat o bogată activitate tipografică, în total a tipărit 63 de cărţi, 39 cu mâna sa. Din acestea 21 sunt în limba română, iar 4 scrise de el însuşi. Multe cărţi sunt ilustrate cu miniaturi gravate chiar de mâna lui, de o măiestrie şi frumuseţe deosebite. Între cărţile de folos sufletesc se numără Didahiile (predicile sale) precum şi Învăţăturile creştineşti, tipărită la 1700.
Înflăcărat patriot şi luptător împotriva asupririi turceşti, ca şi voievodul şi susţinătorul său Constantin Brâncoveanu, Mitropolitul Antim este arestat de Nicolae Mavrocordat (primul domnitor fanariot) în primăvara anului 1716. Forţat să-şi dea demisia şi refuzând, Mitropolitul Antim este caterisit pe nedrept de Patriarhia ecumenică, urmând să fie închis pe viaţă în Mănăstirea Sfânta Ecaterina de pe muntele Sinai. Pe drum, însă, ostaşii turci l-au omorât, aruncându-i trupul în apele râului Tungia, lângă Adrianopol. Abia după 250 de ani, în 1966, Patriarhia ecumenică a anulat nedreapta sentinţă de caterisire dată asupra marelui Ierarh şi Martir Antim Ivireanul.
La 5 februarie 1713, de ziua prăznuirii Sfintei Agata, Mitropolitul Antim Ivireanul hotărăşte să ridice o mănăstire pe locul unde era o veche biserică de lemn cu hramul Sfântul Nicolae, în care se păstra Sfântul Mir. Sfântul Antim pune toată averea sa pentru ridicarea din temelie a acestui sfânt lăcaş „întru slava şi mulţumită Însuşi celui întru Troiţă Dumnezeu şi întru cinstea şi lauda Tuturor Sfinţilor dimpreună, încât să fie şi să se numească mănăstire a Tuturor Sfinţilor, cărora am şi închinat-o şi pe numele lor am zidit-o, ca să se prăznuiască întru ea cu mărire şi să se cinstească necontenit cu laude şi cu cântări, ca nişte prieteni ai lui Dumnezeu şi ajutători şi sprijinitori tuturor pravoslavnicilor creştini” (Aşezământul Mănăstirii Antim, anul 1713, Arhivele Statului, document pergament 13).
În afară de averea sa personală, Mitropolitul Antim mai dobândeşte, fie în dar, fie prin cumpărare, diverse locuri sau imobile, nu numai de la creştinii din Bucureşti, ci şi din alte oraşe. Mănăstirea a fost construită în „mahalaua popii lui Ivaşco”, nu departe de dealul Mitropoliei, la aproape două sute de metri spre apus. Sfinţirea bisericii are loc in anul 1715. Ierarhul şi ctitorul a întocmit cu mâna lui planurile de execuţie ale mănăstirii, două dintre ele rămânând pană in zilele noastre, şi anume planul original al bisericii, pe hârtie, ataşat testamentului său cu privire la mănăstire şi un alt plan, realizat pe pergament (în 1713) în cuprinsul Aşezământului Mănăstirii.
Bucuros că a reuşit să dea capitalei Ţării Romaneşti una din cele mai frumoase podoabe de arhitectură, sculptură şi pictură, Mitropolitul Antim întocmeşte un testament (început la 24 aprilie 1713 şi completat la 15 martie 1716) prin care lasă dispoziţii cum trebuie să fie organizate şi administrate clădirile şi averile mănăstirii.
Intrarea în curtea mănăstirii, care iniţial avea formă pătrată, se face prin poarta unui impunător turn-clopotniţă. Arhitecturii iniţiale i s-au adăugat (in perioada 1857- 1860) patru turnuleţe în colţurile curţii. Biserica mare, a cărei faţadă este precedată de un monumental pridvor deschis, sprijinit pe 10 coloane de piatră cu capiteluri sculptate, aparţine, prin concepţie şi decoraţie, stilului brâncovenesc. Deasupra uşii de la intrare, sub pisanie, se află decoraţia sculptată a emblemei Sfântului Antim, melcul, simbol al credinţei şi smereniei, încadrat de o cunună de lauri şi având în partea superioară o stea.
Tradiţia menţionează că toate sculpturile din piatră ale tâmplei, ale picioarelor coloanelor şi ale ancadramentelor, precum şi pictura din biserica mare şi din paraclis, au fost executate după schiţele mitropolitului ctitor, care a şi pictat câteva icoane pe fresca zidurilor, alături de Preda Zugravul. Tot el a sculptat uşa de lemn a bisericii şi a pictat cele două icoane de lângă iconostas: icoana Tuturor Sfinţilor şi icoana celor patru sfinţi (Alexie, Nicolae, Antim şi Agata).
Sfântul Ierarh Antim hotărăşte ca ctitoria sa „să fi e slobodă, singură ei şi legiutoare, singură stăpânitoare şi nimănui supusă, fără numai lui Dumnezeu şi Tuturor Sfinţilor, cărora am şi închinat-o. Să nu fie subt stăpânire patrierşească, nici subt vreo vrednicie domnească, nici subt stăpânirea arhiereului ţării, nici vreunui boiaru, nici vreunei mănăstiri veri mari, veri mică, ci numai numele cel canonicesc al preasfinţitului mitropolit să se pomenească întru ea, după rânduiala cea bisericească” (Aşezământul Mănăstirii Antim).
Rânduieşte ca în fiecare an să fie daţi la şcoală un număr de copii pe cheltuiala mănăstirii, acoperindu-le casa, masa, hainele şi cărţile. Porunceşte preoţilor să înmormânteze gratuit pe săracii fără adăpost şi să li se facă pomenirile după lege. Tot din veniturile mănăstirii se îmbracă săracii, copii şi bătrânii, iar străinilor li se asigură găzduire timp de trei zile.
Mitropolitul Antim, ca un iubitor de cultură, s-a preocupat şi de luminarea prin carte a credincioşilor. Prin tipografia din mănăstire, el urmăreşte educarea şi morală şi intelectuală a poporului în lumina învăţăturii creştine ortodoxe. De aceea el doreşte ca „să aibă datorie tipograful să inveţe meşteşugul tipografiei unul după altul, pentru ca să nu piară acest meşteşug din ţară”. De asemenea, la Mănăstirea Antim ctitorul înfiinţează pentru prima oară în Ţara Romanească o bibliotecă publică de împrumut, menţionând că „de va trebui cumva cineva să ia vreo carte sau să citească sau să o scrie, sau să caute ceva întrânsa, să se ceară răvaş, iscălit de cei ce o cer, cu făgăduiala că o va trimite înapoi cu termen hotărât, altfel să nu se dea, şi să poarte grijă să fie restituită”.
La 31 mai 1738, în urma unui mare cutremur, cele două turle originale din cărămidă ale bisericii au fost dărâmate şi înlocuite cu altele, executate din lemn. Între anii 1746-1747 are loc o nouă restaurare a bisericii, prin danii realizându-se şi decorarea tâmplei de piatră cu pictură nouă şi poleirea ei cu aur. Sub regimul fanariot, monahii greci care jefuiesc averea mănăstirii printr-o proastă gospodărire, fac ca veniturile ei să se irosească cu timpul şi să nu mai poată fi îndeplinite scopurile filantropic-creştine propuse şi lăsate moştenire de la Sfântul Antim. Astfel, risipa şi jaful grecilor duc întreaga avere şi clădirile la ruină, situaţie jalnică în care se găsea la anul 1797, când, la 22 martie, Alexandru Vodă Ipsilanti trece Mănăstirea Antim ca metoc al Episcopiei Argeşului.
În 1812, prin strădania episcopului Iosif al Argeşului (înmormântat în biserica mare lângă o coloană ce separă naosul de pronaos) şi cu sprijinul Mitropolitului Dosoftei, situaţia Mănăstirii Tuturor Sfinţilor începe să se îmbunătăţească treptat, refăcându-se turlele bisericii precum şi acoperişurile clădirilor. Iar sub conducerea episcopului Ilarion al Argeşului (înmormântat în exteriorul bisericii, la dreapta naosului), în 1820 au loc alte lucrări de restaurare.
Cunoscându-se dinainte, episcopul Ilarion şi Tudor Vladimirescu se întâlneau aici in clipe de taină şi de sfat. Pe drept cuvânt zice un cronicar (C.D. Aricescu) că Ilarion a fost capul răscoalei iar Tudor numai braţul. Căci aici, la Mănăstirea Antim, şi-a redactat Tudor proclamaţiile către ţară, iar monahul David a cusut steagul tricolor al revoluţiei, avand icoanele Sfintei Treimi şi ale Sfinţilor Mari Mucenici Gheorghe şi Teodor Tiron. În anul fierbinte 1821, mănăstirea a servit ca loc de refugiu pentru unele familii boiereşti ce rămăseseră în Bucureşti.
După anii 1850 însă, chiliile şi clopotniţa se aflau într-o stare foarte avansată de degradare. Abia in 1860 este aprobată restaurarea mănăstirii. În 1863, sub grija episcopului Clement al Argeşului, sunt terminate lucrările de restaurare care au constat în executarea unei rozete mari pe frontonul pronaosului; înlocuirea tâmplei originale de piatră cu una din lemn de stejar; pictura originală este înlocuită cu alta de către pictorul Petre Alexandrescu; se execută şi un mobilier nou in biserică (în stil neorenascentist) de către sculptorul Carol Storck; paraclisul este complet renovat, după cum se arată în inscripţia interioară de deasupra uşii, pictura pereţilor şi a tâmplei fiind executată de pictorul Gheorghe Tattarescu; chiliile sunt renovate, iar casele egumeneşti modificate ca dispunere interioară; clopotniţa este restaurată complet în exterior; acoperişurile la toate clădirile sunt reînnoite prin scoaterea şindrilei şi acoperirea cu tablă de zinc; sunt achiziţionate noi icoane, candele, odăjdii precum şi alte obiecte de cult şi cărţi. Imediat după încheierea lucrărilor de restaurare biserica este deschisă slujbelor şi oamenilor în prezenţa domnitorului Alexandru Ioan Cuza, în vara anului 1863.
Trebuie menţionat faptul că în chiliile mănăstirii au funcţionat Seminarul Mitropoliei Ungro-Vlahiei (1836-1840) şi Arhivele Statului (1840-1864). După inundaţia provocată de revărsarea Damboviţei în februarie 1865, reparaţiile pardoselilor şi ale fundaţiilor clădirilor sunt terminate în luna iunie 1867 sub supravegherea stareţului Dionisie. Între anii 1907-1912 are loc construcţia palatului Sfântului Sinod, plasat în prelungirea laturii de miazănoapte a chiliilor, care adăposteşte şi o bogată bibliotecă (în prezent peste 60000 volume); au loc acum şi unele reparaţii ale chiliilor mănăstirii.
În anul 1917, în timpul primului război mondial, în biserică au fost păstrate câteva luni moaştele Sfintei Muceniţe Filofteia de la Argeş (7 decembrie); din anii 1940 sunt cinstite şi închinate în biserica mare moaştele Sfinţilor 40 de Mucenici (9 martie), ale Sfinţilor Mucenici Neofit (21 ianuarie), Acachie (19 mai) şi Paraschevi (26 iulie). Datorită importanţei tot mai scăzute ce i se acordă, Mănăstirea Antim ajunge să fie doar o filială a Parohiei Albe Postăvari pană în 1927, cand este transformată în parohie independentă, acoperind câteva străzi din cartierul său. În 1937, Nicolae Iorga, preşedinte al Comisiei Monumentelor Istorice, susţine o prelegere despre ajutorarea cu fonduri pentru „salvarea de la ruină a mănăstirii”. Ca urmare a demersului său, între anii 1937-1947, sunt executate ample lucrări de reparaţie, construindu-se actualele turle din cărămidă aparentă, înlocuindu-le pe cele de lemn din 1863. Tot în 1937 Patriarhul Miron Cristea restabileşte viaţa monahală în ctitoria Sfântului Antim, numindu-l egumen pe PS Irineu Mihălcescu.
Între anii 1938-1940, stareţ fiind protosinghelul Nicodim Ioniţă, la Mănăstirea Antim se desfăşoară cursurile Academiei de muzică bisericească. Războiul şi cutremurul din 1940 întrerup, însă, orice activitate didactică instituţionalizată. Dar, în acelaşi timp, vitregiile vremii impun o întărire duhovnicească, al cărui duh începe să pătrundă în inimile multor personalităţi ale culturii noastre româneşti. Astfel a luat naştere aici, la finele anului 1945, mişcarea Rugul Aprins axată pe spiritualitatea isihastă a rugăciunii lui Iisus. Intelectuali, preoţi, călugări, studenţi, simpli credincioşi, participau la conferinţele şi dialogurile desfăşurate în sala bibliotecii din casa egumenească, devenită neîncăpătoare. Temele abordau problema rugăciunii inimii, a raportului teologie-ştiinţă, a întâlnirii continue cu Hristos-Dumnezeu Cel adevărat, în cercetarea ştiinţifică a lumii, în arta sinceră, sau în comuniunea cu semenii. Este evident că lucrarea duhovnicească din cadrul Rugului Aprins n-a fost pe placul autorităţilor comuniste care au oprit-o brusc în anul 1948, condamnând la ani grei de închisoare pe însufleţitorii ei.
Sub grija vrednicului de pomenire Patriarh Justinian, între anii 1950-1951, are loc restaurarea paraclisului, consolidându-i-se turla din cărămidă, iar pictura a fost curăţită şi restaurată, lucrările fiind executate şi încheiate la 15 martie 1951 de către Dimitrie D. Nicolaide cu trei ucenici. Pictura în stil neobizantin din pridvorul şi de pe interiorul turlelor bisericii mari a fost realizată de pictorul Costin Petrescu, iar monumentalul mozaic de pe frontispiciul bisericii, ca şi pictura sălilor mari ale palatului sinodal, au fost executate de Olga Greceanu. Din anul 1958 a fost ataşat mănăstirii şi paraclisul Pompilian, unde se pregăteşte Sfântul şi Marele Mir.
Între anii 1964-1966 are loc ultima mare restaurare, integrală, a ansamblului mănăstiresc (biserică, clopotniţă, paraclis, chilii, stăreţie), construindu-se şi o instalaţie de încălzire centrală. Tâmpla originală de piatră este adusă de la lapidarul din curtea Bisericii Stavropoleos şi remontată, adăugându-i-se icoane împărăteşti şi patru praznicale lucrate in mozaic. Tâmpla din lemn a fost trimisă parohiei ortodoxe române din Londra. Cu ocazia aniversarii a 250 ani de la trecerea în veşnicie a Mitropolitului Antim Ivireanul, vrednicul de pomenire Patriarh Justinian săvârşeşte slujba de resfințire a mănăstirii în prezenţa multor oficialităţi bisericeşti şi de stat. La cererea Sfântului Sinod al Bisericii Ortodoxe Romane, Patriarhia ecumenică a anulat nedreapta sentinţă de caterisire dată asupra marelui Ierarh şi Martir Antim Ivireanul.
Ca urmare a lucrărilor de sistematizare a centrului istoric al Capitalei din anul 1984, Palatul sinodal a fost translatat 25 metri spre sud-vest şi rotit cu 13 grade, fiind cea mai grea clădire mutată pe role şi salvată de la demolare. Are loc cu acest prilej şi o renovare a bisericii mari afectată de cutremurul din 1977, în special a picturii.
Între anii 1988-1996 are loc o nouă restaurare; se construiesc noi chilii pentru monahi pe latura dinspre răsărit şi o grădină între cele două paraclise. Pictura paraclisului a fost restaurată de părintele Sofian Boghiu ajutat de doi ucenici. De sărbătoarea Sfântului Antim Ivireanul, la 27 septembrie 1996, are loc resfinţirea paraclisului şi deschiderea muzeului care conţine carte veche, icoane şi alte obiecte bisericeşti de către fericitul întru pomenire Patriarh Teoctist şi Preafericitul Părinte Ilie al II-lea, Patriarhul Georgiei (Iviria de altă dată) în prezenţa multor episcopi, preoţi şi credincioşi.
În anul 1997, sub conducerea PS Teofan Sinaitul, viaţa monahală este înnoită, obştea mănăstirii crescând de la 5 la 14 vieţuitori, stareţ fiind atunci părintele arhimandrit Sofian Boghiu. Între anii 2003-2004, sub oblăduirea PS Vincenţiu Ploieşteanul, se consolidează reşedinţa episcopală, iar între anii 2005-2007 au loc lucrări de restaurare a bisericii mari şi de amenajare a curţii interioare.
În chiliile dinspre nord ale mănăstirii sunt amplasate acum un magazin de cărţi şi obiecte bisericeşti şi Biroul de pelerinaj al Patriarhiei Române, iar în chiliile dinspre răsărit se află un muzeu dedicat vieţii şi activităţii Mitropolitului Antim Ivireanul. Viaţa mănăstirească este centrată pe programul liturgic, părinţii şi fraţii având ascultări variate. În prezent în mănăstire trăiesc şi slujesc 7 monahi, stareţ fiind protosinghelul Mihail Stanciu. De două ori pe săptămână, în zilele de marţi şi joi, după slujba Vecerniei, se desfăşoară Catehezele destinate tuturor credincioşilor creştini dornici de a înţelege mai adânc tainele Ortodoxiei precum şi rânduielile bisericeşti. Din punct de vedere filantropic, tradiţia mănăstirii de a purta de grijă celor necăjiţi, începută şi statornicită prin Aşezământul Mănăstirii de însuşi ctitorul şi ocrotitorul ei, Sfântul Antim Ivireanul, continuă şi astăzi prin ajutorul material, medical şi financiar pe care mănăstirea il acordă celor aflaţi în necazuri. De asemenea, în cele patru posturi sunt organizate colecte de haine şi alte obiecte de uz casnic necesare familiilor sărace sau cu mulţi copii. Zilnic, din mâncarea de la trapeza mănăstirii sunt hrăniţi, în medie cam 15 persoane, săraci şi bătrâni care locuiesc lângă mănăstire. Totodată, în limita posibilităţilor, este acordată găzduire pelerinilor săraci, precum şi ajutor financiar pentru procurarea medicamentelor necesare oamenilor bolnavi. De asemenea, mănăstirea colaborează cu Fundaţia Creştină Sfântul Antim Ivireanul în proiectele destinate celor 35 copii săraci pe care îi antrenează în diferite activităţi cultural-educaţionale.
Dar oare ce atrage atât de puternic la această mănăstire, ce ne aprinde inima într-o duioasă încântare de la primul pas făcut în curtea ei? Pe de o parte, în faţa ei văzută, mănăstirea Sfântului Ierarh Martir Antim Ivireanul este o capodoperă a stilului brâncovenesc cu linia ei arhitecturală suplă şi echilibrată, cu fineţea înfloriturilor în piatră şi în lemn rămase din mâna ctitorului, cu farmecul cântării bizantine şi atrage atenţia oricărui pelerin. Pe de altă parte, în faţa ei nevăzută, mănăstirea cucereşte inimile prin statura ei duhovnicească şi culturală, în care s-au cristalizat rugăciunile şi ostenelile ctitorilor, închinătorilor şi ale binefăcătorilor ei. Este o dovadă că râvna şi dragostea dusă pană la jertfă, după modelul Mântuitorului Hristos s-a păstrat în duhul Sfântului Antim şi în inimile urmaşilor lui pană în zilele noastre. Prin aceasta putem afirma că, între marile realizări de cult şi de cultură ortodoxă romanească, Mănăstirea Antim şi-a rezervat un loc de frunte, purtând prin curgerea vremii pecetea duhovnicească a Ierarhului său ocrotitor.